การสูญเสียยาสึโกะจุดชนวนความมุ่งมั่นในตัวไทกะ ซาเอะจิมะให้ลุกโชนขึ้นอีกครั้ง ตัวเอกทั้งสี่คนของเกม ได้แก่ ชุน อากิยามะ ไทกะ ซาเอะจิมะ มาซาโยชิ ทานิมูระ และคาซึมะ คิริว ตัดสินใจร่วมมือกันเป็นครั้งสุดท้าย โดยใช้เงินที่ยึดคืนมาได้เป็นเหยื่อล่อเพื่อบุกเข้าไปยังมิลเลนเนียมทาวเวอร์ สถานที่ซึ่งเป็นศูนย์กลางอำนาจของผู้บงการแผนการทั้งหมด
ภายในตึกระฟ้าแห่งนั้น ตัวเอกทั้งสี่แยกย้ายกันเผชิญหน้ากับศัตรูของตัวเอง อากิยามะหยุดยั้งความทะเยอทะยานของอาราอิได้สำเร็จ ซาเอะจิมะประจันหน้ากับคิโดะในการต่อสู้ครั้งสุดท้าย คิริวเข้าแก้ไขเส้นทางที่ผิดพลาดของไดโกะ ส่วนทานิมูระเดินหน้าทวงความยุติธรรมให้กับมุนาคาตะผู้อยู่เบื้องหลังทุกความทุกข์ทรมานที่เกิดขึ้น
จุดเปลี่ยนสำคัญเกิดขึ้นเมื่อนักสืบ มาโกโตะ ดาเตะ เข้ามาเปิดโปงการทุจริตทั้งหมดของมุนาคาตะต่อสาธารณะ ทำให้รองผู้บัญชาการตำรวจผู้นี้จนมุมและตัดสินใจปลิดชีพตัวเองในที่สุด ปิดฉากแผนการชั่วร้ายที่ก่อร่างสร้างมานานถึง 25 ปีลงอย่างสมบูรณ์ หลายเดือนต่อมา ไดโกะ โกโร่ มาจิม่าผู้ได้รับอิสรภาพคืนมา และคิริว ร่วมเป็นสักขีพยานในพิธีแต่งตั้งไทกะ ซาเอะจิมะให้ขึ้นเป็นประธานตระกูลซาเอะจิมะแห่งใหม่ในสังกัดตระกูลโทโจ ปิดฉากเรื่องราวทั้งหมดของ Yakuza 4 ด้วยการเริ่มต้นบทใหม่ท่ามกลางซากปรักหักพังของอดีตอันเจ็บปวด